한마디로 답한다면, 눈에 보이는 치료방법은 아무것도 없다. 사실이다. 의단원에서는 약물·수술·식이요법·침·뜸·부항·기(氣)·수기(手記)요법 등 눈으로 확인할 수 있는 외부적인 물리 치료법을 일체 사용하지 않는다. 이에 대해 처음 온 환자들은 "내 병을 고치겠다면서 여기서 하는 게 대체 무어냐?"고 따지기도 한다. 그러면 선선히 "여기서 하는 것은 의식이외에는 아무것도 없다"고 대답한다. 하지만 2∼3개월만 지나면 담당 의사나 본인, 주위 사람들도 깜짝 놀랄 정도로 병세가 호전되기 시작한다. 의식이란 그런 것이다. 의식요법에서는 오로지 의식을 교정하는 방법만을 사용해 환자 스스로 치료한다. 여기서 의식의 교정이란 뇌 의식과 자연생리의식 사이의 괴리에 의해 발생하는 중압감(자연생리의식적 스트레스)을 덜어주는 것을 뜻한다. 괴리가 심하면 심할수록 의식의 중압감이 커져서 잠재되어 있던 육체 자연생리의식이 활성화되고, 그 결과 호르몬 분비에 악영향을 끼쳐 내인성 만성질환을 유발하기 때문이다. 의식요법을 통해 의식의 괴리가 없어지면 과도하게 활성화되었던 육체 자연생리의식도 본래대로 돌아가게 되고, 이에 따라 호르몬 분비도 정상화되어 자연치유력에 의해 인체 또한 정상으로 복귀된다. 이렇듯 의식요법에서는 의식의 교정만을 통해 치료에 임할 뿐, 일체의 약물이나 식이요법·기(氣) 치료·침술이나 지압 등의 어떠한 방법도 부차적으로 사용하지 않는다. 의식요법 치료사는 환자마다 개인차가 있는 내인성 만성질환의 발병 원인을 정확히 짚어내고, 환자가 본래의 자연생리의식을 되찾을 수 있도록 자연스레 유도하여 이끌어 가는 역할을 할 뿐이다. 의식요법은 외부의 물리적 치료법을 일체 사용하지 않기 때문에 단 1%의 부작용도 나타나지 않는다. 의식요법은 인체의 면역 체계를 교란시키는 근본 원인을 의식을 통해 교정하고, 인체의 경이로운 자정 능력을 이용하는 것뿐이므로 진정한 의미에서의 자연치유법 또는 자연요법이라 할 수 있다. 건강한 사람이 의식요법을 실천하면 내인성 만성질환을 예방하는 효과가 있고, 이미 내인성 만성질환에 들어 병마와 싸우고 있는 사람이라면 그 병을 완치시키게 된다. 또한 병의 완치에서 그치지 않고 계속 의식요법으로 정진하면 진정한 깨달음에 도달할 수 있다. 우리가 자연생리의식을 정확히 알고 그것을 삶의 주체로 해서 순리대로 살아간다면, 그것이 곧 수련이며 수행이고 바른 삶이기 때문이다. 
이미 앞에서도 설명했듯이, 내분비 기능 장애에 의한 내인성 만성질환은 두 의식의 괴리감이 깊어져서 생긴 육체 자연생리의식의 활성화가 주된 원인이 된다. 이것을 다른 견지에서 말하면, 내인성 만성질환의 발병은 전적으로 환자 자신이 의식을 잘못 사용함으로써 일어나는 것이다. 그렇기 때문에 내인성 만성질환을 치료하여 건강한 몸으로 회복하는 것 또한 환자 자신의 바른 노력의 대가로 얻어지는 것이다. 환자가 지난날 뇌 의식이 주체가 되었던 삶에서 자연생리의식이 주체가 된 삶으로 이행하게 되면, 병을 일으켰던 호르몬 분비 교란이 제자리를 찾게 된다. 이후 자연의 경이롭고 신비로운 조화라 할 수 있는 자연치유력에 의해 저절로 병이 완치되는 것이다. 되풀이하지만 의식요법 치료사는 인간에게 있는 두 의식을 명확히 구분하여 환자에게 제시한 후, 그 의식을 그릇된 방향(자연생리의식을 별도의 의식 실체로 놓아두지 않고 뇌 의식으로 끌어들여 정당화·합리화 등으로 포장하는 것)으로 사용한 결과 병이 생긴 것임을 실감케 하고, 의식을 바르게 조절하는 방법을 안내하는 것으로 역할을 다한다. 나머지는 환자가 하기 나름이며, 환자의 몫일 뿐이다. 한마디 더 보태면, 암을 위시한 내인성 만성질환의 치료는 자기반성에서 출발하여 자기개혁에서 완치되는 것이다. 내인성 만성질환의 치료에 있어서 무엇보다 중요한 것은 두 의식의 괴리가 더 이상 진전되지 않게끔 해야 한다는 데 있다. 이렇게 하기 위해서는 매사를 뇌 의식으로 연계하여 생각하는 대신, 마음속에서 스스로 일어나는 자연생리의식을 처음 그 느낌 그대로 받아들이고 더 이상 비약시키지 말아야 한다. 뇌 의식과 자연생리의식을 별개로 인정하는 가운데 의식을 전개하는 삶을 살아야 하는 것이다. 의식요법이나 그에 따른 생활 수칙은 치료사의 도움을 제외하고 생각한다면, 경제적인 부담이 거의 없이 누구나 쉽게 체득하여 실천할 수 있는 내용들이라 할 수 있다. 
의식요법으로 다른 이를 치료할 수 있는 자격은 본능적 부정의식인 자연생리의식이 제거된 사람만이 가질 수 있다. 즉 의식요법 치료사는 진정한 깨달음의 경지에 도달해 있는 사람이어야 하는 것이다. 만약 의식요법 치료사에게 본능적 부정의식이 남아 있다면, 치료사와 환자가 만나는 것 자체가 의식의 괴리를 증폭시키는 결과를 낳게 된다. 따라서 누군가가 진정한 깨달음의 경지에 도달한 의식요법 치료사와 똑같은 논리로 치료에 임한다 할지라도 본능적 부정의식이 남아 있는 치료사의 경우라면, 환자의 병이 더욱 악화될 뿐임을 알아야 한다. 세간에서 흔히 보게 되는 '마음을 다스려 병을 고친다'는 정신수련법이나 최면요법 같은 여타의 치료법은 의식의 구조조차 제대로 모르는 상태에서, 곧 본능적 부정의식이 고스란히 남아 있는 상태에서 인위적 의식인 뇌 의식만을 대상으로 시술되는 것이다. 뇌 의식만을 다스려주어도 일시적인 치료 효과가 나타날 수 있음은 사실이나, 내인성 만성질환의 근본 원인을 고치는 치료법이 아니므로 병의 완치와는 거리가 멀 수밖에 없으며, 오히려 병을 더 키우는 결과가 되기 십상이다. 그러나 의식요법으로 자신의 몸을 직접 치료하는 것은 일정한 교육과 몇 가지 실천 지침을 전달받는 정도만으로도 얼마든지 가능하다. 의식요법의 원리나 치료법은 사실 쉽고 간단한 것이기 때문에, 몇 가지 실천사항만 제대로 지킨다면 대부분의 내인성 만성질환은 스스로 완치시킬 수 있다. 
현재 의단원에서 이루어지고 있는 의식요법이 어떤 식으로 행해지는지, 환자의 입장에서는 무척 궁금한 사항이 될 수 있으므로 간단히 언급한다. ① 한 달에 한 번, 환자의 상태에 따라 3박4일 내지 6박7일간 의단원에 필히 와서 의식요법 치료사 및 다른 환자들과 같이 자연생리의식을 주체로 하는 생활을 하면 된다. ② 식사는 채식 위주로 제공(1일 3식)되고, 고착화되고 경직화되어 있는 뇌 의식을 이완시켜 놓아주기 위해 1일 4회 1시간씩 수련과 운동을 반복한다. ③ 금주 및 금연은 기본적인 사항이고, 성 관계도 절제해야 한다. ④ 임의적 치료나 약물 복용을 금해야 하며, 의식요법에만 전념해야 한다. 
① 뇌 의식이 주체가 아니고, 자연생리의식이 주체임을 인식할 것.
두 의식의 괴리에 따라 일어난 호르몬 분비 이상에 의하여 내인성 만성질환이 발생한 것이므로, 무엇보다 이러한 괴리를 덜어주는 것이 선행되어야 한다. 이를 위해서는 뇌 의식에 의해 일어나는 갖가지 생각에 집착해서 비약시키지 말고 있는 그대로 놓아두어야 한다. 즉 뇌 의식과 자연생리의식을 분리시키고, 자연생리의식이 주체임을 인식하여, 이것을 실천하는 생활을 해야 한다. 의식요법을 통해 수개월만에 병원 검진 결과 완치에 도달했다 할지라도, 이와 같이 두 의식을 분리시키고 자연생리의식이 주체가 되는 생활을 일상화하지 않으면 다시금 두 의식에 괴리가 일어나 병이 재발할 수 있다. 따라서 의단원에 와 있는 동안만이 아니라 항상 자연생리의식이 주체가 되는 생활을 하도록 노력해야 한다. ② 자기의 의식에 문제가 있음을 인정하고 모든 일에 시비를 걸지 말 것.
자기 스스로의 의식이 병을 만들었음을 인정해야 한다. 모든 일에 대해 시비를 따지는 것 자체가 뇌 의식이 주체가 되어 있다는 증거이므로 이를 삼가야 한다. ③ 자기 자신에게 솔직할 것.
뇌 의식에 의해서 억지로 합리화시키거나 정당화시키는 등 자기를 기만해서는 안 된다. 뇌 의식은 뇌 의식대로, 자연생리의식은 자연생리의식대로, 있는 그대로를 솔직하게 인정하고 받아들이는 생활을 해야 한다. 자신에 대한 신의야말로 두 의식을 구분하고 바르게 살아가는 방법론이 된다. ④ 편안하고, 외롭고, 적적하게 생활할 것.
이렇게 생활함으로써 자기 내면을 살펴, 뇌 의식과 자연생리의식을 바르게 구분할 수 있게 된다. ⑤ 적당히 부지런할 것.
게으름은 몸에도 나쁠 뿐더러 뇌 의식에 의한 쓸데없는 망념과 비약의 온상이 된다. ⑥ 일찍 자고 일찍 일어날 것.
자연생리에 따른 생체 리듬에 맞춰 생활해야 한다. ⑦ 개방된 자연 조건에서 생활할 것.
사람의 의식은 산과 물과 들이 있는 자연환경을 접해야만 억압감 내지 예속감에서 벗어나 보다 자유로워지고 본래대로 돌아갈 수 있다. 즉 자연에 가깝게 된다. 따라서 자연생리의식이 주체가 되는 삶도 시야를 가리는 인공물 없이 개방되어 있는 자연 조건 아래에서 더 용이하게 이루어진다고 하겠다.
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